Αντικείμενο της Προγραμματικής Σύμβασης μεταξύ του Υπουργείου Πολιτισμού, με την Περιφέρεια Κρήτης, τον Δήμο Αρχανών-Αστερουσίων και το Πολυτεχνείο Κρήτης, προϋπολογισμού 730.000 ευρώ, είναι η εκπόνηση ερευνητικού προγράμματος για την αποτίμηση, τον ανασχεδιασμό και την ανακατασκευή του υφιστάμενου κτηρίου, στο οποίο πρόκειται να στεγαστεί το Μουσείο.
Το ακίνητο του παλαιού εμφιαλωτηρίου, εντός έκτασης 8.247 τ.μ., αποτελεί τμήμα των εγκαταστάσεων του π. Αγροτικού Συνεταιρισμού Αρχανών, εντός των ορίων του κηρυγμένου παραδοσιακού τμήματος του οικισμού. Το ακίνητο περιλαμβάνει έναν σημαντικό αριθμό κτηρίων και εγκαταστάσεων που κατασκευάστηκαν σταδιακά από τη δεκαετία του 1960 έως και τις αρχές της δεκαετίας του 1980, τα οποία ήταν απαραίτητα για τις τότε παραγωγικές και μεταποιητικές ανάγκες του άλλοτε κραταιού Συνεταιρισμού για την παραγωγή κρασιού, επιτραπέζιων σταφυλιών, σταφίδας όπως οινοποιείο, συσκευαστήριο, αποθήκες, δεξαμενές, γραφεία, κ.ά.
Λίνα Μενδώνη: «(…) Η ίδρυση Αρχαιολογικού Μουσείου στις Αρχάνες κρίθηκε επιβεβλημένη εξ αιτίας του τεράστιου πλούτου των ευρημάτων, που αποκαλύπτονται στις ανασκαφές των αρχαιολογικών πυρήνων της ευρύτερης περιοχής. (…) Συνάμα με την ανάδειξη των μοναδικών αρχαιολογικών ευρημάτων, το Μουσείο θα ενισχύσει την έρευνα, την εκπαίδευση και τον πολιτιστικό τουρισμό, συμβάλλοντας ταυτόχρονα στην αναζωογόνηση της τοπικής κοινωνίας. (…)».
